С самого начала зарождения генетики было осознано глубинное сходство между языком и процессами обработки и передачи генетической информации. Были предприняты попытки использовать выработанные в лингвистике методы для дешифровки кодирующих белки нуклеотидных последовательностей. Малая информативность такого рода расшифровок была вполне предсказуемой – методики, ограничивающиеся процессами кодирования, в лучшем случае позволяют составить словарь единиц, но не в состоянии описать язык и выявить определяющие для
коммуникации структуры смысла и текста. Так, до сих пор остаются невыясненными функции порядка 95 % некодирующих последовательностей ДНК. Только текст (а не знак) может рассматриваться как объект процесса создания – передачи – сохранения – преобразования информации. Общая теория текста должна быть в состоянии описать языковые тексты и процессы их структурирования, функционирования и трансформации, и в то же время представить первичную структуру генома как систему текстов – гипертекст, состоящий из упорядоченного подмножества других текстов.
Текст может быть рассмотрен как квазиорганизм, обладающий памятью,
креативно-когнитивными характеристиками и коммуникативным потен-
Геном как (гипер)текст: от метафоры к теории 61
циалом, а клетка (рибосома) – как обладающая квазиинтеллектом и спо-
собностью оперировать абстрактными семиотическими последовательно-
стями. Такой подход требует конструирования новой версии семиотики –
мультимодальной и текстоцентричной, где исходными базовыми понятия-
ми явятся текст и контекст, а знаки и смыслы рассматриваются одновре-
менно и как контекстно-зависимые переменные, и как изменяющие кон-
текст операторы.
Список литературы
Барт Р. Смерть автора // Барт Р. Избранные работы. Семиотика. Поэтика. М.: Прогресс, 1989. С. 384–391.
Барт Р. От произведения к тексту // Барт Р. Избранные работы. Семиотика. Поэтика. М.: Прогресс, 1989. С. 413–423.
Бенвенист Э. Общая лингвистика. М.: Прогресс, 1974. 446 с.
Ванюшин Б. Ф. Метилирование ДНК и эпигенетика // Генетика. 2006. Т. 42, № 9. С. 1–14.
Витгенштейн Л. Логико-философский трактат. М.: Иностр. лит., 1958. 131 с.
Гамкрелидзе Т. В. Р. О. Якобсон и проблема изоморфизма между генетическим кодом и семиотическими системами // Вопросы языкознания. 1988. № 3. С. 5–9.
Гаряев П. П. Лингвистико-волновой геном. Киев, 2009.
Гельфанд М. С. Коды генетического языка и естественный язык // Вопросы языкознания. 1990. № 6. С. 60–70.
Ельмслев Л. Пролегомены к теории языка // Новое в лингвистике. М.: Прогресс, 1960. Вып. 1. С. 264–389.
Жакоб Ф. Лингвистическая модель в биологии // Вопросы языкознания. 1992. № 2. С. 135–141.
Золян С. Т. «Бесконечный лабиринт сцеплений»: семантика текста как
многомерная структура // Критика и семиотика. 2013а. № 1/18. С. 18–44.
Золян С. Т. Вновь о соотнесенности языка и генетического кода // Вопросы языкознания. 2016. № 1. С. 114–132.
Иванов Вяч. Вс. Границы семиотики: вопросы к предварительному обсуждению // Современная семиотика и гуманитарные науки. М.: Языки славянской культуры, 2010. С. 31–52.
Лотман М. Ю. Двойственная природа текста (связный текст как семиотическое и коммуникативное образование) // Текст и культура: общие и частные проблемы / Под ред. Ю. А. Сорокина. М.: Изд-во Ин-та языкознания АН СССР, 1985. С. 3–20.
Лотман Ю. М. Мозг – текст – культура – искусственный интеллект // Семиотика и информатика. М., 1981. Вып. 1. С. 13–17.
Лотман Ю. М. О семиосфере // Учен. зап. Тарт. гоc. ун-та. 1984. Вып. 641. (Труды по знаковым системам. Т. 17.) С. 5–23.
Лотман Ю. М. Cемиотика культуры и понятие текста // Лотман Ю. М. Избранные статьи. Таллинн, 1992. Т. 1. С. 129–132.
Материалы Международного симпозиума «Язык генома» / Казанский федеральный университет, Академия наук РТ; под ред. Р. И. Жданова. Казань, 2014. 32 с.
Николаева Т. М. Лингвистика текста и проблемы общей лингвистики // Изв. АН СССР. Серия литературы и языка. 1977. Т. 36, № 4. С. 304–313.
Николаева Т. М. Теория текста. Современное состояние и перспективы // Новое в зарубежной лингвистике. М., 1978. Вып. 8. С. 5–41.
Пропп В. Я. Морфология сказки // Вопросы поэтики. Л.: Academia, 1928. Вып. 12. 152 с.
Ратнер В. А. Генетические управляющие системы: Автореф. дис. ... канд. биол. наук. Новосибирск, 1965.
Ратнер В. Генетический язык: грамматика, предложения, эволюция // Генетика. 1993а. № 29. С. 709–719.
Ратнер В. Сравнительная иерархическая структура генетического языка // Генетика. 1993б. № 29. С. 720–739.
Ратнер В. А. Генетический код как система // Биология. Соросовский образовательный журнал. 2000. Т. 6, № 3. С. 17–22.
Ратнер В. А. Хроника великого открытия: идеи и лица // Природа. 2000. № 6. URL: http://vivovoco.astronet.ru/VV/JOURNAL/NATURE/ 06_00/ CODE/CODE.HTML (дата обращения 18.02.2016).
Седов А. Е. Метафоры в генетике // Вестн. РАН. 2000. Т. 70, № 6. C. 526–534.
Седов А. Е. Иерархические концепции и междисциплинарные связи генетики, запечатленные в ее метафорах: количественный и структурный анализ терминов и высказываний // Науковедение. 2001. № 1. С. 135–154.
Соловьев В. В., Кель А. Э., Рогозин И. Б., Колчанов Н. А. Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов. Новосибирск, 1988. 92 с.
Степанов Ю. С. Семиотика. М.: Наука, 1971.
Шредингер Э. Что такое жизнь? Физический аспект живой клетки. М.; Ижевск, 2002.
Чебанов С. Российская биосемиотика как школа: проблема институализации. Научные чтения – 2003. Материалы конф. СПб., 2004. С. 164–171.
Якобсон Р. Лингвистика в ее отношении к другим наукам // Якобсон Р. Избранные работы. М.: Прогресс, 1985. С. 387–404.
Augustyn P. What Connects Biolinguistics and Biosemiotics? // Biolinguistics. 2013. Vol. 7. P. 96–111.
Barbieri M. Is the Cell a Semiotic System? // Barbieri M. (ed.) Introduction
to Biosemiotics. The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer, 2007.
Barbieri M. Biosemiotics: A New Understanding of Life // Naturwissenschaften.
Springer Verlag, 2008a. P. 577–599.
Barbieri M. What is Biosemiotics? // Biosemiotics (1). Springer, 2008b.
P. 1–3.
Barbieri M. A Short History of Biosemiotics // Biosemiotics. Berlin: Springer
Science, 2009. No. 2. P. 221–245.
Bertalanffy L. Theoretische Biologie. Berlin, 1932.
Bertalanffy L. General Systems Theory. Foundations, Development, Applications. New York, 1968. 289 p.
Beaugrande R.-A. de, Dressler W. Introduction to Text Linguistics. London:
Longman, 1994. 270 p.
Bickerton D. Some Problems for Biolinguistics // Biolinguistics. 2014. Vol. 8. P. 73–96.
Dijk T. van. Some aspects of text grammars. A study in theoretical poetics
and linguistics. The Hague: Mouton, 1972.
Crick F. H. C. The Genetic Code – Yesterday, Today and Tomorrow // Cold
Spring Symposium on Quantitative Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1966.
Vol. 31. P. 3–9.
Crick F. Life Itself: Its Origin and Nature. Simon and Schuster, 1981. 193 p.
Elumalai A., Eswaraiah M. Review on application of bioinformatics // Journal
of Science. Bioinformatics. 2013. Vol. 3. Iss. 1. P. 21–27.
Emmeche C., Hoffmeyer J. From language to nature – the semiotic metaphor
in biology // Semiotica. 1991. Vol. 84 (1/2). Р. 1–42.
Favareau D. The evolutionary history of biosemiotics // Barbieri M. (ed.) Introduction to Biosemiotics. The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer,
2007. P. 1–69.
Galik D. Biosemiotics: A New Science of Biology? // Filozofia. 2013. Vol. 68. No. 10. P. 859–867.
Gamkrelidze T. «Paradigms» in Linguistics and the Problem of the Isomorphism
between the Genetic Code & Semiotic Systems // Bulletin of the Georgian National Academy of Sciences. 2009. Vol. 3. No. 2.
Gimona M. Protein Linguistics and the Modular Code of the Cytoskeleton //
Barbieri M. (ed.) The Codes of Life: The Rules of Macroevolution. Berlin:
Springer, 2008. P. 189–206.
Jaкobson R. Linguistics. Relationship between the science of language and
other sciences // Main trends of research in the social and human sciences. The
Hague: Mouton, 1970. P. 419–453.
Ji S. Isomorphism between Cell and Human Languages: Molecular Biological,
Bioinformatic and Linguistic Implications // Biosystems. 1997. Vol. 44.
Iss. 1. P. 17–39.
Ji S. The Linguistics of DNA: Words, Sentences, Grammar, Phonetics, and
Semantics // Molecular Strategies in Biological Evolution. Annals of the New
York Academy of Science. 1999. Vol. 870. P. 411–417.
Kull K. Organism as a Self-Reading Text: Anticipation and Semiosis // International Journal of Computing Anticipatory Systems. 1998. Vol. 1. P. 93–
104.
Kull K. A Sign Is not Alive – a Text Is // Sign Systems Studies. 2002. Vol. 30.1.
Kull K., Deacon K., Emmeche C., Hoffmeyer J., Stjernfelt F. Theses on Biosemiotics: Prolegomena to a Theoretical Biology // Biological Theory. 2009.
Vol. 4 (2). P. 167–173.
Luhmann N. Essays on Self-Reference. New York: Columbia University Press, 1990.
Luhmann N. Social Systems. Stanford: Stanford University Press, 1995.
Maturana H. R., Varela F. J. Autopoiesis and cognition: The realization
of the living. Boston: D. Reidel, 1980.
Pattee H. H. The Necessity of Biosemiotics: Matter-Symbol Complementarity
the Physics and Metaphysics of Biosemiotics // Journal of Biosemiotics.
2005. Vol. 1 (1). P. 223–238.
Raible W. Linguistics and Genetics: Systematic parallels // Language Typology
and Language Universals. An International Handbook / Eds. M. Haspelmath, E. König, W. Oesterreicher, W. Raible. Berlin; New York: Walter de Gruyter, 2001. Р. 103–123.
Rotshild F. S. Laws of symbolic mediation in the dynamics of self and personality // Annals of the New York Academy of Sciences. 1962. Vol. 96 (3).
P. 774–784.
Searls D. The Computational Linguistics of Biological Sequences // Artificial
Intelligence and Molecular Biology. 1993. Р. 47–120.
Searls D. B. Formal Language Theory and Biological Macromolecules //
Mathematical Support for Molecular Biology. American Mathematical Society
Press, 1999. Р. 117–140.
Searls D. B. The Language of Genes // Nature. 2002. Vol. 420 (6912). P. 211–217.
Searls D. B. Molecules, Languages and Automata // Grammatical Inference:
Theoretical Results and Applications Lecture Notes in Computer Science. 2010.
Vol. 6339. P. 5–10.
Shannon C. E. A mathematical theory of communication // Bell System
Technical Journal. 1948. Vol. 27 (379–423). Р. 623–656.
Stjernfelt F. Tractatus Hoffmeyerensis: Biosemiotics as expressed in 22
basic hypotheses // Sign Systems Studies. 2002. Vol. 30.1. P. 337–345.
Trifonov E. N. Earliest pages of bioinformatics // Bioinformatics. 2000.
Vol. 16. No. 1. P. 5–9.
Trifonov E. N. Codes of Biosequences // Barbieri M. (ed.) The Codes of Life. The Rules of Macroevolution. Springer, 2008. P. 3–14.
Trifonov E. N. Thirty Years of Multiple Sequence Codes // Genomics. Proteomics. Bioinformatics. 2011. Vol. 9 (1–2). Р. 1–6.
Wiener N. Cybernetics: Or Control and Communication in the Animal and the Machine. Paris: Hermann & Cie; Cambridge: MIT Press, 1948.
Witzany G. Review: Marcello Barbieri (ed.) Introduction to Biosemiotics.
The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer, 2007. Triple C 5 (3).
P. 104–109.
Zhdanov R. I., Ibragimova M. Y. New informational level at genomic DNA:
lipids specifically bound to DNA // Genetics and Chemistry Sharing a Language
of Discovery: Cell Symposium series, May 23–25, 2012. Boston; Marriott; Cambridge, 2014. P. 29.
Zolyan S. Text as a Multisemantic Entity – a Prolegomenon to Formalization
// International Congress Cultural Poliglotism, tо the anniversary of Juri
Lotman’s 90th birthday. Tartu, 2012. Р. 57–62.
Геном как (гипер)текст: от метафоры к теории // Критика и семиотика С. 60–84.